Operat wodnoprawny składa się z części opisowej i części graficznej.
Część opisowa operatu wodnoprawnego powinna zawierać wszystkie kluczowe informacje związane z umiejscowieniem zakładu ubiegającego się o wydanie pozwolenia, musi zawierać również m.in. charakterystykę wód objętych wnioskiem czy odniesienie się do dokumentów strategicznych takich jak plany gospodarowania wodami w obszarze dorzecza, krajowy program oczyszczania ścieków komunalnych czy plan przeciwdziałania skutkom suszy. W operacie konieczne jest także wskazanie celu i zakresu planowanego korzystania z wód oraz zasięgu zamierzonego korzystania z wód, co pozwoli ustalić w sposób prawidłowy strony postępowania.
Część graficzna operatu wodnoprawnego powinna zawierać m.in. zasięg zamierzonego korzystania z wód przedstawiony na mapie sytuacyjno-wysokościowej, wraz ze wskazaniem jego powierzchni oraz schemat technologiczny urządzeń wodnych.
Operat wodnoprawny sporządza się pisemnie w formie opisowej i graficznej, a także na elektronicznych nośnikach danych jako dokument tekstowy, zaś część graficzną operatu w postaci plików typu rastrowego (PDF).